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1、紙層析是以濾紙為惰性支持物。濾紙纖維和水有較強(qiáng)的親和力，能吸收22%左右的水，而且其中6~7%的水是以氫鍵形式與纖維素的羥基結(jié)合，在一般條件下較難脫去，而濾紙纖維與有機(jī)溶劑的親和力甚弱，所以一般的紙層析實(shí)際上是以濾紙纖維的結(jié)合水為固定相，以有機(jī)溶劑為流動相，當(dāng)流動相沿紙經(jīng)過樣品時(shí)，樣品點(diǎn)上的溶質(zhì)在水和有機(jī)相之間不斷進(jìn)行分配，一部分樣品隨流動相移動，進(jìn)入無溶質(zhì)區(qū)，此時(shí)又重新分配，一部分溶質(zhì)由流動相進(jìn)入固定相（水相）。

2、隨著流動相的不斷移動，各種不同的部分按其各自的分配系數(shù)不斷進(jìn)行分配，并沿著流動相移動，從而使物質(zhì)得到分離和提純。