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蒼蠅的天敵可分為捕食性天敵、寄生天敵、微生物天敵。

1、捕食性天敵：包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、螞蟻、蜥蜴、壁虎、食蟲虻和鳥類等。雞糞是家蠅和廄蠅的滋生地，但其中常存在生性兇殘的巨螯螨和蠼螋，會捕食糞類小的蠅卵和蠅蛆。

2、寄生天敵：如姬蜂、小蜂等寄生蜂類，它們往往將卵產(chǎn)在蠅蛆或蛹體內(nèi)，孵出幼蟲后便取食蠅蛆和蠅蛹。有人發(fā)現(xiàn)，在春季挖出的麻蠅蛹體內(nèi)，60.4％被寄生蜂侵害而夭亡。

3、微生物天敵：日本學(xué)者發(fā)現(xiàn)森田芽孢桿菌可以抑制蒼蠅滋生，中國學(xué)者也發(fā)現(xiàn)“蠅單枝蟲真菌”孢子如落到蒼蠅身上，會使蒼蠅感染單枝蟲真菌。