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一般從蛋白質(zhì)、基因組DNA和轉(zhuǎn)錄組RNA三個層面來辨別玉米是普通玉米還是轉(zhuǎn)基因玉米，還有就是使用轉(zhuǎn)基因檢測紙條。

抗蟲和抗除草劑是目前轉(zhuǎn)基因技術(shù)應(yīng)用主要集中的兩個方面。對于玉米生產(chǎn)者來說，可減少農(nóng)藥的花費(fèi)，減輕農(nóng)民勞動量，對于消費(fèi)者來說可以用更低的價格吃到玉米。轉(zhuǎn)基因技術(shù)主要用在生死攸關(guān)的大事兒上，“轉(zhuǎn)”進(jìn)去的外源基因既不參與玉米外形的發(fā)育，也不參與玉米顏色物質(zhì)的合成，故轉(zhuǎn)基因玉米從外觀上與非轉(zhuǎn)基因玉米別無二致，無法簡單地通過視覺予以分辨。