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1、分布不同：根主要是在植物的底部，一般都是在地下；而莖主要是在植物的中軸部，一般都是在地上。

2、作用不同：根主要是用來負(fù)責(zé)吸收土壤里面的水分以及各種營養(yǎng)物質(zhì)，并且還具有支撐、繁殖、貯存等作用；而莖主要是用來傳遞水分以及各種營養(yǎng)物質(zhì)來支持葉、花、果實(shí)在一定空間中生長，有些還具有光合作用。

3、結(jié)構(gòu)不同：根可以分為根尖結(jié)構(gòu)、初生結(jié)構(gòu)、次生結(jié)構(gòu)；而莖則分為初生結(jié)構(gòu)、次生結(jié)構(gòu)、橫切面。

其它植物器官：

葉：葉是植物進(jìn)行光合作用的主要器官，其中葉片的顏色與其所含的色素有關(guān)。

花：花是植物繁衍后代的生殖器官，主要包括雄蕊以及雌蕊，一般需要借助自然或人工的方式完成受精。

果實(shí)：果實(shí)是被子植物的雌蕊經(jīng)過傳粉、受精，之后發(fā)育而成的器官，一般包括果皮和種子兩部分。

種子：種子是裸子植物和被子植物特有的繁殖體，一般由種皮、胚、胚乳三部分組成。