1、違反了商業(yè)保密協(xié)議后果是：民事責(zé)任，公司可以要求員工賠償因違約或侵權(quán)給公司造成的損失；行政責(zé)任，工商行政管理機(jī)關(guān)有權(quán)依法責(zé)令停止違法行為，可以根據(jù)情節(jié)處以一萬元以上二十萬元以下的罰款；刑事責(zé)任，造成嚴(yán)重后果的追究侵犯商業(yè)秘密罪。
2、法律依據(jù)《民法典》
第五百零九條 當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)按照約定全面履行自己的義務(wù)。當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)遵循誠信原則，根據(jù)合同的性質(zhì)、目的和交易習(xí)慣履行通知、協(xié)助、保密等義務(wù)。當(dāng)事人在履行合同過程中，應(yīng)當(dāng)避免浪費資源、污染環(huán)境和破壞生態(tài)。
第五百七十七條 當(dāng)事人一方不履行合同義務(wù)或者履行合同義務(wù)不符合約定的，應(yīng)當(dāng)承擔(dān)繼續(xù)履行、采取補救措施或者賠償損失等違約責(zé)任。
