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(一)概念區(qū)別

商業(yè)秘密是企業(yè)的財產(chǎn)權利，它關乎企業(yè)的競爭力，對企業(yè)的發(fā)展至關重要，有的甚至直接影響到企業(yè)的生存。商業(yè)秘密等知識產(chǎn)權可申請緊急保全。

專利一般是由政府機關或者代表若干國家的區(qū)域性組織根據(jù)申請而頒發(fā)的一種文件，這種文件記載了發(fā)明創(chuàng)造的內容，并且在一定時期內產(chǎn)生這樣一種法律狀態(tài)，即獲得專利的發(fā)明創(chuàng)造在一般情況下他人只有經(jīng)專利權人許可才能予以實施。在我國，專利分為發(fā)明、實用新型和外觀設計三種類型。

(二)保護制度設立目的不同

商業(yè)秘密是秘不示人的秘密武器，通過《反不正當競爭法》保護，目的側重于維護公平競爭。

專利是國家授予的一項合法壟斷權，通過《專利法》保護，目的側重于鼓勵創(chuàng)新。

(三)保護范圍不同

從對兩者的概念分析可以看到，商業(yè)秘密所涵蓋的保護范圍較為廣泛，包括技術信息及經(jīng)營信息。只要當信息不能被歸為“發(fā)明、實用新型和外觀設計”時均可以作為商業(yè)秘密保護，包括但不限于設計方案、可獲得專利權的裝置或工藝手法，甚至可以是研發(fā)過程中的試驗記錄或是任何將來具有價值的其他信息。

專利的保護范圍具有一定的局限性，至少有一部分信息是需要公開的，比如說明書、附圖、具體實施方式等。

(四)取得方式及成本不同

專利權基于申請的并經(jīng)過行政機關公告授權取得，授予專利權的發(fā)明和實用新型應當具備新穎性、創(chuàng)造性和實用性并應當在授予專利權后向社會公開。發(fā)明專利的期限為二十年，實用新型和外觀設計的期限為十年(外觀設計有望改為15年)，期滿需要繳費來續(xù)期。

商業(yè)秘密的取得無需行政機關審批，只要該信息符合秘密性、保密性和價值性即可(特別說明，新穎性不是商業(yè)秘密的構成要件，新穎性是專利制度中的法律概念和專利有權需要符合的條件之一，并不能套用到商業(yè)秘密制度上。)，核心技術信息所有人自行采取保密措施。此外，商業(yè)秘密沒有期限限制，只要擁有者一直持續(xù)把某信息當商業(yè)秘密對待，該信息從產(chǎn)生之日起立即生效，而且可以一直持續(xù)擁有商業(yè)秘密的身份，而無需去向任何機構申請登記也無需繳納任何費用。但看似無須官方成本，而根據(jù)“免費的才是最貴的”理論，企業(yè)通常為了維護商業(yè)秘密需要采取一系列保密措施，這些措施的花費可能是上無封頂?shù)摹?/P>

(五)公開后果不同

專利的取得是以公開為前提，是通過公開后取得權利保護。而商業(yè)秘密一旦公開，就不再受到保護了。

(六)侵權判定原則不同

專利侵權通過判斷被控侵權技術方案是否落入專利權保護范圍來認定，主要是運用相同侵權或等同侵權等原則，被訴侵權技術方案的技術特征與權利要求記載的全部技術特征相比，缺少權利要求記載的一個以上的技術特征，或者有一個以上技術特征不相同也不等同的，人民法院應當認定其沒有落入專利權的保護范圍。

商業(yè)秘密侵權判定的原則主要是相同或者實質相似+接觸-合法來源，與專利侵權判定不同的是需要判斷被控侵權人是否實際或可能接觸過權利人的商業(yè)秘密。