1、去當地人力資源和社會保障局（原勞動局）內的勞動爭議仲裁委，申請勞動仲裁，立案時需攜帶：仲裁申請書2份、申請人身份證復印件1份；相關證據復印件和證據清單2份；用人單位的工商登記信息（北京地區(qū)不需要提供登記信息）。
2、提交材料后，5個工作日仲裁委給予立案，然后給雙方舉證期，給對方答辯期；然后開庭審理，之后對你們雙方進行調解，調解不成仲裁委會下達裁決書；勞動仲裁60天內結案；對于裁決書不服，勞動者可以起訴到法院；
3、申請勞動仲裁期間，不耽誤勞動者去新單位工作。申請勞動仲裁可以追討兩年前的加班工資，但是需要勞動者承擔全部舉證責任。